Infectiologie

• Bactériologie-Parasitologie-Mycologie-Cultures virales
• Mycobactériologie
• Biologie moléculaire en maladies infectieuses
• Sérologies

L’utilisation de technologies de pointe est indispensable dans ce département pour permettre l’adaptation à la constante évolution du diagnostic des maladies infectieuses : épidémies, émergence de nouveaux agents pathogènes, apparition de résistance aux anti-infectieux.

Bactériologie-Parasitologie-Mycologie-

Cultures virales

Concernant Clostridium difficile, notre secteur de bactériologie possède le panel entier des analyses préconisées par les sociétés savantes dans les récents algorithmes de diagnostic biologique. Outre les techniques classiques de culture et antibiogramme, nous utilisons des techniques de PCR pour la détection et l’identification de gène de résistance des bactéries difficilement cultivables (Helicobacter pylori). Par ailleurs, nous réalisons les tests respiratoires à l’urée marquée au 13C pour le diagnostic in vivo d’une infection à Helicobacter pylori dont la pratique est aujourd’hui largement répandue, notamment pour le contrôle de l’éradication.

De plus, grâce à la biologie moléculaire, la recherche de bactéries multi-résistantes (entérobactéries porteuses de carbapénèmase) peut être rendue en quelques heures, contre plusieurs jours avec les techniques classiques. Les autres analyses de bactériologie (dites « standards »), et de mycologie sont sous-traitées au CHU de St-Etienne. Elles sont effectuées avec l’attention et la qualité d’un centre hospitalier.

Parallèlement, le laboratoire possède une expérience reconnue en matière de cultures cellulaires, ce qui lui permet d’utiliser les techniques traditionnelles de la virologie (isolement et identification des virus, séroneutralisation), encore souvent considérées comme référence, notamment pour le diagnostic de l’herpès.

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Mycobactériologie

Notre laboratoire de mycobactéries est le premier laboratoire privé en France en termes de volume et d’expertise. Pour le diagnostic de la tuberculose, nous disposons de la technique de PCR directe la plus sensible du marché, permettant le diagnostic direct dans le prélèvement, des mycobactéries du complexe tuberculeux en moins de 2 h. Concernant l’identification des mycobactéries, nous utilisons des techniques de biologie moléculaire, identification par hybridation ADN-ADN, ainsi que la recherche des mutations touchant la rifampicine et l’isoniazide. Pour la culture, la réalisation des antibiogrammes et des CMI, nous utilisons les techniques les plus performantes en ce domaine (culture en milieu liquide avec détection automatisée de croissance, antibiogramme en milieu liquide).

Nous effectuons également le test QuantiFERON®-TB Gold Plus® (test d’évaluation de la production d’interféron gamma ou IGRA pour Interferon gamma release assay), pour le diagnostic des tuberculoses latentes dont les indications ont été précisées en 2011 par le Haut Conseil de la Santé publique.

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Biologie moléculaire en maladies infectieuses

Une grande part de notre activité concerne la recherche, la quantification et, éventuellement, le typage de virus à ADN ou ARN non – ou difficilement – cultivables (VIH, virus des hépatites B et C, papillomavirus, CMV, EBV, parvovirus…). Les méthodes de PCR en temps réel se sont imposées en raison de leurs performances, mais aussi parce qu’elles permettent de réduire les délais de réponse. L’automatisation et l’informatisation de l’ensemble du processus analytique, depuis l’extraction du prélèvement jusqu’au résultat final, améliorent la reproductibilité et sécurisent le résultat.

Ainsi, nous réalisons des PCR très spécialisées et de grande aide diagnostique pour la recherche de microorganismes de culture fastidieuse ou impossible : Treponema pallidum, Mycoplasma genitalium, Haemophilus ducreyi, Kingella kingae, Tropheryma whiplei, Bartonella spp ou ceux de culture longue : Legionella pneumophila.

Pour pallier le manque de sensibilité des techniques habituelles de diagnostic, nous avons développé les PCR Pnemocystis jirovecii et Clostridium difficile.

Dans le contexte d’émergence d’épidémie, ont été mises en place les PCR grippe A H1N1, puis, plus récemment, chikungunya et dengue.

Des PCR permettant le diagnostic des infections virales plus rares, survenant chez les patients immunodéprimés, ont également été développées : PCR JC, BK, Human Herpes virus 6, HHV 7, et HHV8. Enfin, 2 biologistes agrées nous apportent leur expertise dans le diagnostic infectieux prénatal.

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Sérologies

Il devient ainsi possible de diagnostiquer une infection virale, bactérienne, parasitaire ou fungique (détection d’antigènes, d’anticorps de type IgM, séroconversion), d’en mesurer l’impact sur une population (épidémiologie), de déterminer le degré de protection après vaccination et le statut immunitaire, particulièrement important à connaître chez la femme enceinte et le sujet immunodéprimé.

Le schéma technique habituel comporte un dépistage et, en cas de positivité, la confirmation et le titrage. Les tests utilisés, choisis pour leurs performances reconnues dans un domaine ou pour un agent infectieux particulier, permettent de caractériser les différents isotypes d’immunoglobulines (IgM, IgG, éventuellement IgA), quand cela est nécessaire. Ils sont appliqués à la sérologie virale (VIH, VHC, VHB, EBV, CMV…), bactérienne (maladie de Lyme, coqueluche…), parasitaire (hydatidose, toxocarose, amibiase, bilharziose…), fungique (Candida albicans, Aspergillus fumigatus).

Certaines analyses sont réalisées en collaboration avec des Centres reconnus comme référents en infectiologie – hôpital Paul Brousse pour l’avidité rubéole, CNR des arboviroses pour les virus West-Nile, encéphalite japonaise…, , CNR des hépatites, par exemple dans le cadre de la confirmation par PCR et du génotypage de l’hépatite E autochtone…

Certains de nos biologistes sont membres de l’ASM (American Society for Microbiology) et consultants pour l’ANSM.

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